Chlor ist eines der gängigsten Mittel in Wasserversorgungsystemen in Deutschland. Es ist preiswert, gut verfügbar, und wirkungsvoll gegen Bakterien. Seine Wirksamkeit kann einfach geprüft werden (freies Chlor). In Kleinsystemen besteht jedoch das Problem, dass die Einwirkdauer (Zeit zwischen Dosierung des Chlors und Nutzung des Wassers, wo eine Wirkung erzielt werden muss) sehr kurz ist, um einen ausreichenden Desinfektionsschutz zu erzielen, müssen somit höhere Dosen zur Anwendung kommen. Größere Speicherbehälter können Kontaktzeit erhöhen. Um die Konzentration von krebserregenden Desinfektionsnebenprodukten (THM) zu veringern, sollte bei Anwesenheit organischer Inhaltsstoffe (DOC> 1 mg/l) ggf. mittels A-Kohle Filtration oder Umkehrosmose dieser THM-Gehalt gesenkt werden.

Das Kochen ist ebendfalls eine Methode der Desinfektion, dies ist jedoch ein energieintensiver Prozess, bei dem andere Wasserinhaltsstoffe aufkonzentriert werden.

Es gibt weitere Methoden der Wasserdesinfektion:

UV-Desinfektion ist eine saubere Methode, es entstehen keine Desinfektionsnebenprodukte, es gibt keine Geruchs- und Geschmacksbeeinträchtigungen. Dieses Verfahren ist gegenüber Bakterien wirkungsvoll, Parasiten-Dauerformen werden aber nicht inaktiviert. Prozozoen werden nur mit Filtern < 5 µm eliminiert. In der Regel werden UV-Systeme mit Detektoren ausgestattet, die ein Signal geben, wenn die Strahlungsleistung der Lampe nicht mehr für eine sichere Desinfektion ausreicht. Dies passiert auch dann, wenn Verunreinigungen oder Bewuchs die Strahler abdeckt (Algen, Sediment).  Teflonbehälter anstelle von Quarzbehältern verringern dieses Problem.

Ozon ist ein sehr starkes oxidierendes Gas und wirkt bereits nach kürzeren Kontaktzeiten als Chlor. Im Wasser wird O3 zu O2 und zu O ^-  zerlegt, dabei werden organische Inhaltsstoffe oxidiert. Der Nachweis der Wirkung ist schwieriger, Geruchs- und Geschmacksprobleme treten nicht auf.  Zur sicheren Dosierung werden elektronisch arbeitende Systeme angeboten, die jedoch für den privaten und Kleinverbraucher noch nicht erschwinglich sind.

Der Einsatz von Iod zur Trinkwasserdesinfektion ist ein weiteres Verfahren. Es wirkt gegen Bakterien und hinterlässt keine Geruchs- und Geschmacksprobleme. Die Verfügbarkeit von Iod ist aber relativ schlecht, darüber hinaus sind die Kosten höher. Die Wirksamkeit ist geringer. Die Tendenz zur THM-Bildung ist ebenfalls schwächer ausgeprägt. Physiologische Effekte des längeren Gebrauches des Iods, besonders auf Kinder, sind umstritten.